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神原拓也在弟弟生日当天收到让他去地铁的信息。
冰见友树被欺负他的同学推上列车。
拓也上了一辆列车，发现他坐电梯是就看到的冷酷男孩源辉二上了另一辆列车。
拓也车厢中人相互介绍。友树大哭不想来。拓也典型的热血性格。泉是单身家庭的留学女生。纯平是不太顾及别人的富家子弟。
一行人到达遇到波高兽和问答兽，得知自己是被选中的孩子。
拓也为保护友树，发现了炎系斗士精神。并用武装进化进化为了火神兽，打败了破坏村子的沙路比兽，并净化他。
友树纯平为了回到原来世界，用巧克力贿赂帕古兽想得到回去的方法。最后被包围掉入地底迷宫。
帕古兽缠着纯平和友树要巧克力，被赶来的辉二救下。但是帕古兽进化为烂泥兽攻击大家。拓也无法进化。辉二找到关系斗士精神进化为野狼兽，打败烂泥兽，然后独自离开。
友树和纯平决定留下来，和拓也小泉以前拯救数码宝贝世界。
深深仙女兽给大家发信息，让大家前往森林终点站。
众人被蜡烛兽攻击，友树为了保护拓也进化的火神兽。找到了冰系斗士精神，进化为冰熊兽和拓也一起打败了蜡烛兽和蜡烛兽进化成的巫师兽。
拓也和小泉吵架。拓也友树与纯平小泉分开。小泉在微风村找到风系斗士精神进化为仙女兽打败蘑菇三兄弟。
蘑菇三兄弟进化为朽木兽，被赶来的辉二打败。拓也友树因为前路不通也归队了。
为拯救风工厂的机甲虫兽，众人大战螳螂兽。最后纯平找到雷系斗士精神，进化成为雷光兽扭转战局，取得胜利。
大家为了挣钱去贝壳滑溜兽村帮他们拯救村里的子女。遇到了从天而降的源辉二。当贝壳滑溜兽知道他们是传说中的斗士时候把他们绑起来要和黑暗斗士古洛顿兽交换人质。
误会解除后五人合力打败古洛顿兽，救出人质。但是古洛顿兽兽型进化为巨岩兽，打败了五人。古洛顿兽吸收了山的数码密码。
拓也、辉二和友树三人掉入漂浮的玩具王国，三人打败了这里的邪恶玩具亚古兽。
纯平和小泉进入数码宝贝小学。二人鼓励独角兽进化在洪水中拯救同学，并且让独角兽获得了其他数码宝贝的认可。
大家决定寻找兽型斗士精神，进入电视森林。友树在邪恶食梦兽蛊惑下攻击大家。大家共同进化，打败了食梦兽并且净化了它。友树也恢复了。
大家进入黑暗大陆。辉一加入队伍，共同对战基路比兽。 20话到37话
在皇家武士兽的攻击下，数码宝贝时间各地死守。六翅兽复活，进行最终决战。